กองกลางเป็นหน่วยงานที่ปฏิบัติงานเพื่อส่งเสริมและสนับสนุนกิจการของมหาวิทยาลัยด้านบริหารงานทั่วไป เริ่มดำเนินงานตั้งแต่มีการก่อตั้งสถาบัน เทคโนโลยีการเกษตร เมื่อปีพุทธศักราช 2518 จนได้ยกฐานะเป็น มหาวิทยาลัยในปัจจุบัน
กองกลางมีฐานะเป็นกองในสังกัดสำนักงานอธิการบดี ตามประกาศทบวงมหาวิทยาลัย เรื่อง การแบ่งส่วนราชการ ในสถาบันเทคโนโลยีการเกษตรแม่โจ้ ลงวันที่ 8 มีนาคม 2536 โดยแบ่งส่วนราชการของสำนักงานอธิการบดีดังนี้
1. กองกลาง
2. กองกิจการนักศึกษา
3. กองบริการการศึกษา
4. กองแผนงาน
5. กองห้องสมุด
ก.ม. อนุมัติให้จัดตั้งงานเลขานุการผู้บริหารในกองกลาง
ก.ม. ได้เห็นชอบให้หน่วยงานประสานงานมีฐานะเป็นงานประสานงาน
ก.ม. อนุมัติการจัดสรรอัตรากำลังลงตามการแบ่งส่วนราชการ ในกองกลาง ซึ่งประกอบไปด้วย
งานสารบรรณ
งานการเจ้าหน้าที่
งานคลัง
งานพัสดุ
งานประชาสัมพันธ์
งานสภาอาจารย์
งานอาคารสถานที่
งานประสานงาน
งานเลขานุการผู้บริหาร
มหาวิทยาลัยได้จัดตั้งกองคลังในสำนักงานอธิการบดีเป็นการภายใน โดยให้แยกหน่วยงานจากกองกลาง คือ งานคลังและงานพัสดุ ไปจัดตั้งเป็นกองคลังเป็นการภายใน ตามคำสั่งที่ 265/2539 ลงวันที่ 29 ตุลาคม 2539 ต่อมามหาวิทยาลัยได้จัดตั้งกองการเจ้าหน้าที่ และกองอาคารสถานที่และยานพาหนะ ในสำนักงานธิการบดีเป็นการภายใน โดยแยกงานการเจ้าหน้าที่ และงานอาคารสถานที่ ออกจากกองกลางไปจัดตั้งเป็นกองภายในสำนักงานอธิการบดี
มหาวิทยาลัยได้ประกาศฯ เรื่อง การแบ่งหน่วยงานที่มีฐานะเทียบเท่างาน ลงวันที่ 7 ตุลาคม 2550 โดยให้แบ่งหน่วยงานในกองกลางเป็น 6 งาน ดังนี้
งานสารบรรณ
งานเลขานุการผู้บริหาร
งานประชาสัมพันธ์
งานสภาอาจารย์
งานประสานงาน
งานประชุม
สภามหาวิทยาลัยได้มีมติให้มีการแบ่งส่วนราชการในสำนักงานเลขานุการ กอง หรือหน่วยงานที่เรียกชื่ออย่างอื่นที่มีฐานะเทียบเก่ากอง โดยกองกลางได้แบ่งส่วนงานเพิ่ม อีก 1 หน่วยงาน คือ สำนักงานสภามหาวิทยาลัย
สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวมหาวชิราลงกรณ บดินทรเทพยวรางกูร มีพระราชโองการโปรดเกล้าฯ ให้ประกาศพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยแม่โจ้ พ.ศ. 2560 ซึ่งในมาตรา 9 ได้แบ่งส่วนงานของมหาวิทยาลัย ออกเป็น 7 ส่วนงาน ประกอบด้วย (1) สำนักงานสภามหาวิทยาลัย (2) สำนักงานมหาวิทยาลัย (3) สำนักงานวิทยาเขต (4) คณะ (5) วิทยาลัย (6) สถาบัน (7) สำนัก
มหาวิทยาลัยได้ประกาศจัดตั้งสำนักงานมหาวิทยาลัย ตามประกาศมหาวิทยาลัยแม่โจ้ เรื่องการจัดตั้งส่วนงานของมหาวิทยาลัย พ.ศ. 2562 ลงวันที่ 29 มีนาคม 2562
มหาวิทยาลัยได้ประกาศแบ่งหน่วยงานย่อยภายในของหน่วยงาน โดยกองกลางได้แบ่งหน่วยงานย่อยออกเป็น 4 งาน ประกอบด้วย
1. งานบริหารและธุรการและเลขานุการ
2. งานประชุม
3. งานสภาพนักงาน
4. งานประสานงาน
มหาวิทยาลัยได้ประกาศแบ่งหน่วยงานย่อยภายในของกองกลาง เป็น งานอำนวยการ งานประชุม งานสภาพนักงาน งานประสานงาน